Se rellenan de blanco (o del color de fondo que elijas), porque JPEG no tiene canal de transparencia. Si necesitas conservar la transparencia, convierte a WebP, que sí la admite.

Sí, algo: JPEG usa compresión con pérdida, así que al convertir aparecen algunos artefactos de compresión que no había en el PNG sin pérdida, aunque con ajustes de calidad altos la diferencia suele ser difícil de ver.