Elles sont remplies de blanc (ou de la couleur de fond choisie), car le JPEG ne possède pas de canal de transparence. Si vous devez conserver la transparence, convertissez plutôt en WebP, qui la prend en charge.

Oui, un peu : le JPEG utilise une compression avec perte, donc la conversion introduit des artefacts de compression absents du PNG sans perte, même si, avec des réglages de qualité élevés, la différence est généralement difficile à voir.