はい。パスワード付きのファイルは、キューに追加される前にパスワードの入力を求められます（パスワードはどこにも保存されず、ファイルを開くためにだけ、お使いの端末内で使用されます）。ひとつ注意点があります。そのファイルは結合の際に画像に変換されるため、最終的な PDF ではテキストを選択できなくなります。

1ファイルあたりの上限は 100 MB です。追加できるファイル数に上限はありません。一般的な文書であれば、数個を結合してもすぐに完了します。ただし、画像の多い大きな PDF を数十個結合すると、ブラウザーの空きメモリによっては処理が遅くなることがあります。

通常のPDFでは問題ありません。ページはオブジェクト単位でコピーされるため、選択可能なテキストと埋め込みフォントはそのまま引き継がれます。例外はパスワード保護されたファイルです。結合の際に画像へ変換（平坦化）されるため、その後はテキストを選択・検索できなくなります。

このツールではできません。結合では、選択した順序でファイル全体を結合するだけです。特定のページを除きたい場合は、先に「ページを削除」または「ページを抽出」を使い、その結果をここで結合してください。